Qu'est-ce que le microbiote intestinal et quel est son rôle dans l'organisme ?

Le saviez-vous, notre organisme est composé de milliards de bactéries qui jouent un rôle vital pour notre santé ? La grande majorité d’entre elles se trouve dans notre tube digestif et compose notre microbiote intestinal. Vital pour notre organisme, son importance est telle que le corps médical le considère désormais comme un organe à part entière… D'où l’importance d’en prendre soin chaque jour.

Dans la suite de cet article, nous vous expliquerons ce qu’est concrètement le microbiote intestinal, son origine et sa composition, puis nous verrons quelles sont les situations et habitudes qui menacent son équilibre. Enfin, nous vous donnerons des conseils pour rééquilibrer votre flore intestinale et la maintenir en bonne santé. 

Qu’est-ce que le microbiote intestinal

Le microbiote intestinal ou flore intestinale correspond à l'ensemble des micro-organismes, principalement des bactéries, qui vivent et qui interagissent avec notre intestin pour en réguler les fonctions essentielles. Bien que physiquement présentes dans l’intestin, ces bactéries ont un rôle étendu qui ne se limite pas seulement à la digestion. 

En effet, le microbiote assure de nombreuses fonctions, dont voici les principales :

  • Protéger l'intestin des germes pathogènes
  • Produire des cellules immunitaires
  • Éliminer les déchets et les substances potentiellement nocives
  • Faciliter la digestion des aliments
  • Réguler la fonction intestinale dans son ensemble
  • Produire des vitamines et des acides gras essentiels à la santé
  • Faciliter l’assimilation des vitamines et des minéraux lors de la digestion

Quelques chiffres : cet organe pèse plus d'un kg et se compose de près de 50 milliards de micro-organismes.

Comment se développe cet écosystème extraordinaire ?

Un écosystème qui se crée à la naissance grâce à la maman

C’est à la naissance que notre microbiote commence à se développer. Ce "big bang" bactériologique a lieu lors de la naissance, précisément lors du passage dans le canal de naissance au contact des bactéries vaginales et fécales maternelles, mais aussi au contact des bactéries présentes dans l'environnement de naissance.

On comprend alors mieux pourquoi les bébés nés par accouchement naturel développent un microbiote différent de celui des bébés nés par césarienne. En effet, chez les bébés nés par accouchement naturel, les bactéries du microbiote vaginal de la mère (Lactobacillus, Prevotella) sont présentes, alors que chez les bébés nés par césarienne, les bactéries de la peau de la mère (Staphylocoques, Corinebactéries) prédominent.

Par la suite, l'allaitement maternel favorise lui aussi le développement d'une plus grande variété de bactéries impliquées dans la digestion des aliments (bifidobactéries, entérobactéries).

Un “don” de bactéries qui évoluent au cours de la vie

La dotation initiale en bactéries que le nouveau-né reçoit à la naissance et par le biais de l'allaitement constitue la base du futur microbiote de l'adulte, et atteint sa stabilité environ 1 000 jours après la naissance.

Au cours de notre vie, le microbiote est en constante évolution et cherche à maintenir un certain équilibre. Ce dernier est très sensible aux changements alimentaires, physiologiques et/ou environnementaux, c’est pourquoi il faut en prendre soin, au même titre que n’importe quel autre organe.

Dans la suite de cet article, nous vous donnerons quelques conseils pour prendre soin de ce dernier.

Notre microbiote est unique, comme une empreinte digitale

Chaque individu développe son propre microbiote avec des caractéristiques spécifiques qui évoluent au fil du temps, en fonction de l'âge et du mode de vie.

Ainsi, notre microbiote évolue vers un état d’eubiose, quand sa composition est correcte, ou vers un état de “dysbiose” quand on observe un déséquilibre qui favorise l'inflammation.

Et si certains d’entre nous ont naturellement un microbiote plus robuste que d’autres, il est toujours possible, grâce à de bonnes habitudes, de “muscler” notre microbiote pour qu’il reste en pleine santé.

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Eubiose ou dysbiose, une recherche d'équilibre permanente

Comme nous l’avons vu, notre microbiote est composé de dizaines de milliards de micro-organisme, donc la plupart sont des bactéries. Or les variétés de souches bactériologiques ainsi que leur nombre déterminent la santé de notre flore intestinale.

D’autre part, il faut comprendre qu’il existe une “rivalité” entre les bonnes bactéries, celles qui sont utiles à l’organisme, et les mauvaises, celles qui favorisent l’inflammation.

En résumé : un microbiote dit “sain” est constitué d'une quantité suffisante de bonnes bactéries et d’une proportion acceptable de bactéries pathogènes.

Vous l’aurez compris, on parle de "dysbiose" lors d’une altération de la flore intestinale qui manque alors de "bonnes" bactéries par rapport aux souches pro-inflammatoires ou potentiellement pathogènes.

Pour aller plus loin, consultez notre article sur les bienfaits de la curumine et des oméga-3

Mais concrètement comment savoir si je suis en état de dysbiose ?

La seule façon d’en être sûr est de faire des analyses en laboratoire qui permettront d’évaluer avec précision la composition de votre microbiote.

En amont, les symptômes suivant peuvent vous mettre la piste d’une dysbiose :

  • Des symptômes gastro-intestinaux : Halitose, météorisme, tension abdominale douloureuse, constipation ou diarrhée.
  • Des symptômes plus généraux : Fatigue, épuisement, hyperexcitabilité, tension musculaire, difficultés de concentration, maux de tête, escherichia coliinfections urinaires et génitales. 

Un lien fort entre la dysbiose et l’inflammation

La dysbiose est une des causes principales de l'inflammation, appelée parfois la "mère de toutes les maladies". Bien que cette affirmation soit forte, elle n’est pas exagérée tant notre écosystème intestinal joue un rôle majeur pour notre santé en général. En effet, la dysbiose crée un terreau favorable à de nombreuses maladies inflammatoires.

Prendre soin de son microbiote, c'est donc prendre soin de sa santé en général, pas que de son système digestif.

Pour aller plus loin, nous vous conseillons de lire notre article sur le lien entre le stress oxydatif et l’inflammation.

Un lien entre le microbiote et l'équilibre émotionnel

Vous avez peut-être entendu dire que notre ventre est notre deuxième cerveau ?

Des recherches relativement récentes ont mis en lumière un lien bidirectionnel entre le microbiote et le cerveau. En effet, ayant plus de 200 millions de neurones, l'intestin communique avec le cerveau et joue un rôle sur notre bien-être psychologique.

C’est pourquoi une altération du microbiote peut affecter nos capacités cognitives :  humeur, appétit ou encore apparition de certaines maladies neurologiques. De même, notre cerveau affecte le microbiote et joue un rôle dans son équilibre bactériologique.

Ce champ d’exploration est certes récent, mais très prometteur pour mieux comprendre et soigner certaines maladies psychologies.

Comment prendre soin de son microbiote ?

Il n’est pas exagéré d’affirmer que notre microbiote est souvent malmené. Pour cause, certaines pratiques ou habitudes participent à son déséquilibre : prise d'antibiotiques ou traitements pharmacologiques (aigus et chroniques), mauvaises habitudes alimentaires, stress chronique, consommation d'alcool et de drogues.

Mais alors, comment rétablir cet équilibre et favoriser la prolifération de bonnes bactéries ?

L'alimentation, la base d’un microbiote sain

Comme souvent, notre alimentation est la clé pour rester en bonne santé. Et cela est particulièrement vrai quand on parle du microbiote ; c’est d’ailleurs le principal facteur externe qui impacte notre flore intestinale.

En effet, il faut bien comprendre que ce que nous ingérons est aussi de la nourriture pour nos microbes qui, en retour, restituent à nos cellules des substances nécessaires à leur santé.

C’est pourquoi une alimentation saine enclenche un cercle vertueux qui favorise la croissance des "bons" microbes au détriment des mauvais. A contrario, une alimentation déséquilibrée nourrit les "mauvais" et crée à terme une dysbiose, lorsque les bons microbes n’arrivent plus à reprendre le dessus.

Une alimentation riche en fibres

Si l’on parle souvent de fibres et de leurs bienfaits pour la santé, c’est parce qu'elles participent à notre bien-être intestinal. En effet, ces dernières participent au transit intestinal et constituent le carburant de nos bonnes bactéries, c’est pourquoi elles sont indispensables pour nourrir notre microbiote.

Il est donc recommandé de consommer des fibres tous les jours. Pour cela rien de plus simple, car les aliments riches en fibres sont accessibles et très faciles à trouver.

Pourtant, la plupart d'entre nous n’avons pas une alimentation assez riche en fibres. Si vous pensez que c’est votre cas, voici une liste non exhaustive d’aliments riches en fibres que vous pourrez trouver facilement près de chez vous :

  • Les céréales complètes
  • Les fruits secs : les pruneaux, les amandes, les dates
  • Les légumineuses : haricots rouges et blancs cuits, les pois chiches cuits, les lentilles cuites
  • Les légumes crucifères : choux verts et choux-fleurs, brocolis
  • Les Allium : les poireaux, les oignons
  • Et plus généralement tous les légumes…

Les probiotiques, c’est (presque) automatique en cas de dysbiose

Les probiotiques sont des souches de bonnes bactéries que l’on prend sous forme de compléments alimentaires. Pris dans le cadre d’une cure, ces derniers permettent de repeupler ponctuellement notre microbiote avec les bonnes souches bénéfiques à notre santé.

Pour les choisir, il est donc utile de regarder en détail quelles sont les souches qui composent le produit et si ces dernières sont reconnues et ont fait l’objet d’études scientifiques. C’est le critère le plus important à prendre en compte.

De plus, en vous renseignant, vous remarquerez sans doute que certains cure de probiotiques sont associés à des “prébiotiques”, ce qui est une bonne chose, car ces derniers travaillent en synergie : les probiotiques repeuplent le microbiote quand les prébiotiques donnent le surplus de nourriture dont ces derniers ont besoin pour se développer.

Références : 

  1. Ana M Valdes, Jens Walter, Eran Segal, Tim D Spector - Role of the gut microbiota in nutrition and health - BMJ - 2018; 361
  2. Yun Kit Yeoh, Tao Zuo, Grace Chung-Yan Lui, Fen Zhang, Qin Liu, Amy YL Li, Arthur CK Chung, Chun Pan Cheung, Eugene YK Tso, Kitty SC Fung, Veronica Chan, Lowell Ling, Gavin Joynt, David Shu-Cheong Hui, Ming Chow, Susanna So Shan Ng,  Timothy Chun-Man Li, Rita WY Ng, Terry CF, Grace Lai-Hung Wong, Francis KL Chan, Chun Kwok Wong, Paul KS Chan - Gut microbiota composition reflects disease severity and dysfunctional immune responses in patients with COVID-19 - Yeoh YK, et al. Gut 2021;70:698–706
  3. Carlotta De Filippo, Duccio Cavalieri, Monica Di Paola and Paolo Lionetti -  Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa - BIOLOGICAL SCIENCES - August 2, 2010  107 (33) 14691-14696
  4. Cross-Sectional Study -Hao Wu, Valentina Tremaroli, Caroline Schmidt, Annika Lundqvist, Lisa M. Olsson, Manuela Krämer, Anders Gummesson, Rosie Perkins, Göran Bergström, Fredrik Bäckhed - The Gut Microbiota in Prediabetes and Diabetes: A Population-Based - Volume 32, Issue 3, 1 September 2020, Pages 379-390.e3

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